Konsep pendidikan MTs Husnul Khotimah Cipanas adalah pendidikan Islam terpadu. Keterpaduan yang dimaksud adalah keterpaduan antara kurikulum standar nasional Kementerian Agama dan Kurikulum Kepesantrenan khas pesantren Tahfidz

Kurikulum Kementerian Agama

Fokus pembelajaran pada pendidikan karakter Islami, penguasaan ilmu-ilmu alam dan sosial, pengetahuan hukum-hukum dalam Islam, dan pengembangan keterampilan

Pesantren Tahfidz Al-Quran

Fokus kegiatan pembelajaran pada  penghafalan Al-Quran, penguasaan bahasa Arab dan Inggris, pendidikan karakter islami, pemahaman Al-Quran dan Hadist secara mendalam, kemampuan untuk berbicara dan berdakwah serta kemampuan leadership.